我所是国务院批准的首批具有博士、硕士授予权的科研单位，自1978年恢复研究生招生制度至今，共培养研究生近千名。最近几年来，硕士及博士招生中多项指标均名列全院前十名以内。逐步确立了从招生、培养、学位授予、就业等“全生命周期”管理的理念。研究生教育在研究所工作中的权重逐年增加，受到历任所领导的重视。目前我所设有微生物学、遗传学、生物化学与分子生物学三个二级学科，并设有博士后流动站；新增生物工程专业学位硕士培养点。
为深入学习贯彻中国科学院夏季党组扩大会议精神，凝聚全所智慧、探索人工智能与微生物学融合发展新路径，2026年10月8—9日，微生物所召开 2026“AI FOR MICROBIOLOGY”创新与发展战略研讨会。 会议认为，研究所要坚守国家重大需求导向的基础研究定位，通过创新发展推进解决存在的问题；要大力推进人工智能与微生物学深度融合，以交叉中心改组建设和算力保障机制赋能科研创新核心工作；要持续强化原始创新能力建设，持续推进成果应用转化，为我国微生物领域科技自立自强注入新动能。
芳澜讲堂：Defense and Counter-Defense in Small RNA-Mediated Plant Immunity
