我所是国务院批准的首批具有博士、硕士授予权的科研单位，自1978年恢复研究生招生制度至今，共培养研究生近千名。最近几年来，硕士及博士招生中多项指标均名列全院前十名以内。逐步确立了从招生、培养、学位授予、就业等“全生命周期”管理的理念。研究生教育在研究所工作中的权重逐年增加，受到历任所领导的重视。目前我所设有微生物学、遗传学、生物化学与分子生物学三个二级学科，并设有博士后流动站；新增生物工程专业学位硕士培养点。
微生物天然产物生物合成与合成生物学
微生物生理代谢与生物制造技术
1）固氮酶表达调控的分子机制；2）微生物碳氮代谢途径解析；3）合成生物学
乳酸菌分子遗传及资源利用
微生物天然产物的合成生物学与新药开发
