我所是国务院批准的首批具有博士、硕士授予权的科研单位，自1978年恢复研究生招生制度至今，共培养研究生近千名。最近几年来，硕士及博士招生中多项指标均名列全院前十名以内。逐步确立了从招生、培养、学位授予、就业等“全生命周期”管理的理念。研究生教育在研究所工作中的权重逐年增加，受到历任所领导的重视。目前我所设有微生物学、遗传学、生物化学与分子生物学三个二级学科，并设有博士后流动站；新增生物工程专业学位硕士培养点。
2020年5月14日下午，北京海外学人中心主持工作的虎翼熊副主任带队访问微生物所，调研外籍专家的签证、工作及生活等情况。微生物所副所长向华对海外学人中心领导和代表前来调研表示欢迎和感谢，他介绍了研究所的基本情况，以及微生物所在抗击“新冠病毒疫情”科研攻关工作。在国际合作方面，我所建有中日联合实验室，中科...
微生物组与微生态技术研究室（以下简称“微生态室”）成立于2023年，是中国科学院微生物研究所面向国家重大需求和人民生命健康，重点布局的前沿交叉学科研究机构。微生态室以“解析微生物组功能、突破微生态医学瓶颈”为使命，聚焦人体微生态与重大疾病防控，围绕微生物组结构功能解析、宿主互作机制及临床转化研究开展系统性攻关，致力于推动微生态医学技术创新与产业化应用，为健康中国建设提供科技支撑。
