中国科学院微生物研究所病原微生物与免疫学重点实验室，历史渊源流长，早在中国科学院微生物研究所建所初期1958年就成立了病毒学研究室，由周家炽研究员任主任。随着病毒学的发展，逐渐分化出植物病毒和动物病毒两个分支。1990年以莽克强先生和方荣祥院士为首，开创了植物病毒研究方向，建立了中国科学院植物生物技术开放实验室。1995年田波院士倡建分子病毒学与生物工程开放实验室，开创了动物病毒学的先河。2002年成立了分子免疫中心（唐宏研究员任主任，2005年高福研究员接任主任职务，2007年由高斌研究员接任主任职务），2004年，成立了分子病毒中心（刘文军研究员任中心主任）。2008年高福院士领衔创立了中国科学院病原微生物与免疫学重点实验室（简称：病原室），刘文军研究员和高斌研究员（2015年调离）任副主任。2010年，结核药物研发中心加入了重点实验室，增加张立新研究员（2016年调离）任副主任。2018年施一研究员增选为副主任，2019年刘翠华研究员增选为副主任，2025年增选王军和赵欣为主任助理。2025年中国科学院微生物研究所成立了中国科学院病原微生物与免疫学重点实验室，高福任主任，刘翠华任副主任，王军和赵欣任主任助理。经过十余年的发展和不断跨越创新，病原室面向国家战略需求和国际前沿，开展重要病原微生物基因组学与分子进化、动物源性病原跨种间传播、病原-宿主相互作用的分子机制等前瞻性基础研究，已经处于国际领先地位。面向国民经济主战场，面向人民健康，开展病原微生物与免疫相关疾病的免疫干预的新理论、新策略研究，坚持源头创新，解决病原微生物防控领域“卡脖子”技术问题，包括疫苗、抗体及小分子药物的研发，在全球抗击新冠疫情期间做出重要贡献。病原室主要的特色为重大传染性病原与宿主互作和免疫干预，未来将携手奋进，跨越创新，再创佳绩。