国家重点实验室

   中国科学院微生物研究所于1989年3月正式向中国科学院和国家计委申请利用世界银行贷款建立微生物资源前期开发国家重点实验室，同年6月获得批准。1991年12月，实验室的建设工作正式启动；1993年12月，经专家组论证、中国科学院批准，实验室正式对外开放；1995年12月，实验室通过了国家计委验收；1998年3月中国科学院对实验室进行了评估，1999年7月实验室进入了中国科学院知识创新工程；2001年6月实验室通过了国家评估。现任实验室主任为向华研究员，学术委员会主任为赵国屏院士。

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   植物基因组学国家重点实验室成立于2003年，由中国科学院微生物研究所与中国科学院遗传与发育生物学研究所共建，其前身是1990年成立的中国科学院植物生物技术开放实验室。实验室的总体定位为：从国家战略需求出发，以主要农作物、经济作物以及重要模式植物为材料，系统地开展植物和植物病原微生物的功能基因组学研究，着重于大规模新基因的克隆鉴定、功能分析和潜在应用价值的探索，推动植物生物技术的源头创新和转基因植物产业化。建立我国植物基因组学理论体系和技术平台，使实验室成为国内植物基因组学源头创新研究的中心，不断提高在国际上的竞争力和影响力。

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  真菌学国家重点实验室

   本室起源于1953年1月成立的以戴芳澜院士为主任的真菌植病研究室。在此基础上，1956年12月成立中国科学院应用真菌学研究所，并成为于1958年12月成立的中国科学院微生物研究所的建所基础，原“应用真菌研究所”成为微生物所的“真菌研究室”，邓叔群院士任主任。1985年8月，作为中国科学院首批开放实验室之一，“真菌地衣系统学开放研究实验室”成立。2001年11月，更名为“中国科学院真菌地衣系统学重点实验室”。2011年10月，科技部正式批准建设真菌学国家重点实验室。现任实验室主任为蔡磊研究员，学术委员会主任为赵国屏院士。实验室以我国真菌资源为基础，研究真菌起源、演化、系统学、代谢以及利用，揭示真菌生命本质、生态功能。在此基础上，以标本、菌种、基因及真菌活性化合物构建真菌资源平台，为真菌生物资源的认识和利用、真菌病害的防治提供物质基础和理论支撑，为国民经济服务。 

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